Каждый раз, начиная новый проект, я создаю структуру папок и элементов, которая будет основой. Не важно, какого размера в итоге получится проект, но имея четкую структуру с самого начала, с ним будет удобно работать, масштабировать, передавать другому разработчику.

Можно гуглить «best practices» и смотреть как делают другие, но все равно вы придёте к своему комфортному расположению ресурсов и элементов на сцене. А для тех, кто еще не определился с выбором, предлагаю свой вариант.

И так, структура папок:

• Editor
• Audio
  • Music
  • Effects
• Models
• Plugins
  • iOS
  • Android
• Prefabs
• Resources
  • Prefabs
  • Sprites
  • Etc
• Textures
• Animations
• Scenes
  • Levels
  • Menu
  • Etc
• Scripts
• Shaders
• Vendor

Естественно, все нужно подстраивать под конкретную задачу и под команду, но будет лучше если придерживаться общей концепции для всех своих проектов.

Структура сцены:

• Plugins
• Scripts
• Level
• UI
• Render
  • Cameras
  • Lights
  • Effects
• !Temporary

Scripts служит для скриптов которые не связаны с объектами, например, менеджер звуков. Plugins нужен если обрабатываете входящие сообщения из плагинов iOS и Android. В !Temporary добавляются динамические, временные элементы созданные в процессе игры. Если вы делаете 2D игру, то в Level разумно было бы добавить разбивку по «слоям»: background, middleground, foreground.

Пробуйте, создавайте! Все придет с опытом. В любом случае, такой шаблон удобнее и практичнее, чем куча файлов в корневой папке и раскиданные элементы по сцене :)