Как оказалось, даже для последних версий Unity, есть проблема программно выставить нужные параметры в Xcode проекте :( А это необходимость, иначе никакой CI\CD не работает и придётся билдить iOS версию вручную, что конечно не очень правильно.

Для этих целей в Unity есть специальный PostProcessBuildAttribute и PBXProject. После билда в Xcode проект, можно настраивать уже другие параметры, не доступные внутри Unity. Но, даже следуя мануалам, как-то оно не всё работает...

Так, например, чтобы добавить функцию Sign in with Apple, нужно воспользоваться ProjectCapabilityManager. В коде это выглядит примерно так:

...
string projectPath = string.Format ("{0}/Unity-iPhone.xcodeproj/project.pbxproj", path);
PBXProject project = new PBXProject ();
string file = File.ReadAllText (projectPath);
project.ReadFromString (file);
string target = project.GetUnityMainTargetGuid ();
string entFile = "game.entitlements";
ProjectCapabilityManager manager = new ProjectCapabilityManager (projectPath, entFile, "Unity-iPhone", target);
manager.AddSignInWithApple ();
// other capabilities
manager.WriteToFile ();

Но таким образом файл X.entitlements не добавляется в проект, создаётся, но не добавляется. И через project.AddFile() — тоже. Спасает как всегда stackoverflow :) Оказывается, помимо project.AddFile() надо добавить ещё специальный property, чтобы всё закрутилось:

...
project.AddFile (entFile, entFile);
project.AddBuildProperty (target, "CODE_SIGN_ENTITLEMENTS", entFile);
File.WriteAllText (projectPath, project.WriteToString ());

Почему это не написано в мануале Unity — непонятно.